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朝倉市長某日突然收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「你這四年來的傲慢施政，即將遭到天譴！」
就在隔日，市長所執行的新地下鐵隧道竟遭人炸毀。所幸，柯南及時得知恐嚇信的內容，而將爆炸案件的傷害減到最低。
但是，這名引發爆炸的犯人仍逍遙法外，柯南擔心之後還會有更嚴重的事件發生，因此，他開始著手調查市長過往的經歷，發現市長曾擔任交通部長期間可能因興建水庫而遭人懷恨…。
當時為了興建水庫，位於新潟縣的北之澤村民，在五年前全部遷村到附近的地區。
五年後，村民舉辦了一場紀念遷村五週年的活動，並廣邀大家參加。
柯南認為犯人將會參加此活動，並且計畫著暗殺市長的行動。 同時，柯南在調查的過程中，遇見五個從小一起長大但已八年沒有聯絡的朋友們。
這群人在八年前曾經歷一起死亡車禍，而車禍地點又在水庫興建之處，因此他們內心產生了陰影、嫉妒與怨恨等複雜的情緒。
在那起車禍發生的當天，有個名為「冬馬」的少年從懸崖跌落後長期昏迷不醒，如今卻奇蹟般地甦醒，然而，隨著車禍發生當日的記憶逐漸恢復，冬馬也開始陷入危機…。
就在此時，這群兒時玩伴的其中一人竟離奇身亡，少年偵探團也遭到不明人士威脅，…
到底車禍當天，冬馬看見了什麼？
炸毀地下鐵的犯人動機又是什麼？
這次身陷危機的柯南是否又能全身而退呢？
本集採用了多條線索層層推進式的推理，劇情更是撲朔迷離！